조은석 특별검사팀은 2025년 6월 18일 수사에 착수하여 윤석열 전 대통령을 내란죄, 일반이적죄, 직권남용 권리행사 방해죄 등으로 기소했다. 특검은 윤 전 대통령이 군을 통해 사법권과 입법권을 장악하고 정치적 반대 세력을 제거하여 권력을 독점하려 했다고 판단했다. 특히 평양에 무인기를 투입해 북한의 무력 대응을 유발하려 한 행위를 일반이적 혐의로 적용했다.
윤 전 대통령은 2025년 7월 10일 내란 특검팀에 의해 재구속되었으며, 이후 특수공무집행방해 및 직권남용 혐의 등으로 추가 기소되어 재판을 받았다. 그는 법정에서 비상계엄 선포가 대통령의 정당한 권한 행사였다고 주장하며 모든 혐의를 부인했다. 또한 구치소 독방 생활의 어려움을 호소하며 보석을 신청했으나, 사법부는 내란 혐의의 엄중함을 고려해 엄격한 법적 책임을 물었다.
1심에서 내란 수괴 혐의 등으로 무기징역을 선고받았으며, 항소심에서는 특수공무집행방해 등의 혐의로 징역 7년을 선고받았다.
2025년 3월 13일 보도된 바에 따르면, 더불어민주당 원내대표 박찬대 의원이 합동참모본부로부터 입수한 ‘계엄실무편람 및 표기·관리 지침 공문’에 따르면, 합동참모본부는 2021년 계엄실무편람을 2023년 개정판으로 수정하는 과정에서 여러 조항을 위법하게 변경하였다. 주요 변경 내용은 (1) 국회에 대한 ‘계엄 통고’를 ‘통보’로 용어를 바꾸어 국회의 개입을 어렵게 함, (2) 국무총리 승인 절차를 축소함, (3) 합동참모본부가 계엄 선포 요건을 검토하는 임무를 삭제한 것이다. 개정된 2023년 계엄실무편람은 비공개 처리된 뒤, 기존 2021년 판을 전량 파기하도록 지시되었다. 이와 같은 절차는 계엄법 제4조·제2조와 상충되며, 군 사의 독단적인 계엄 집행을 가능하게 할 여지를 만든 것으로 확인되었다.
서울서부지법 이순형 영장전담 부장판사가 내란 혐의 등으로 윤석열 대통령에 대한 체포 및 수색영장을 발부했다. 법원은 윤 대통령이 정당한 이유 없이 수사기관의 출석 요구에 응하지 않았으며, 출석하지 않을 우려가 있고 죄를 범했다고 의심할 만한 상당한 이유가 있다고 판단했다. 윤 대통령 측은 해당 영장이 법률적 근거가 없는 불법 무효라고 반발하며 헌법재판소에 권한쟁의와 효력정지 가처분을 신청하겠다는 입장을 밝혔다. 민주사회를 위한 변호사모임은 헌법 제84조에 따라 내란의 죄를 범한 대통령은 불소추특권이 적용되지 않으므로 영장 집행에 응해야 한다고 주장했다.