선수 기용 과정에서 실력이 아닌 내부 갈등이나 문화적 차이가 영향을 미쳤다는 의혹이 제기되며 감독의 책임론과 협회 행정 문제가 수면 위로 올랐다.
2026년 6월 29일, JTBC 축구 해설위원 이황재는 인스타그램 스토리를 통해 "늘 선발 명단에 올라오던 이재성 선수가 왜 선발에서 제외됐고, 뒤지고 있는 상황에서도 교체로 출전하지 않았는지"를 물으며 "얽혀있는 실타래의 시작은 거기다"라고 적었다. 이 게시글이 확산되자 온라인 축구 커뮤니티에서는 이재성과 손흥민이 감독과의 불화 혹은 전술 지적으로 인해 선발에서 제외됐다는 소문이 제기되었지만, 대한축구협회와 홍명보 전 감독, 선수단은 이에 대해 공식 입장을 내놓지 않았다. 따라서 현재까지는 이재성의 선발 제외가 내부 갈등 때문이라는 주장은 확인된 사실이 아니다.
2026년 FIFA 월드컵에서 대한민국 대표팀은 남아프리카공화국과의 0 대 1 패배를 기록했다. 그 경기에서 주장 손흥민과 핵심 미드필더 이재성은 선발 명단에서 제외되었으며, 이는 한국축구협회(KFA)가 ‘전술적 판단’이라고 공식 입장을 발표한 바 있다. 그러나 이 결정 배경에는 조별리그 기간 중 공개 훈련 현장에서 언론이 손흥민의 병역 특례를 조롱한 발언이 녹음·보도된 사건과, 이후 대표팀이 미디어 인터뷰를 보이콧하면서 내부 갈등이 심화된 것이 연관되어 있다는 제보가 제시되고 있다.
2026년 7월 1일, 한국 축구대표팀은 북중미 월드컵 조별리그 3차전에서 남아프리카공화국과 맞붙어 0-1 패배했다. 경기 전후로 팀 내 불협화음이 드러났는데, 이는 지난달 7일 멕시코 과달라하라 훈련장에서 일부 언론이 손흥민의 병역특례를 조롱한 발언이 유출돼 선수단이 인터뷰를 보이콧한 사건에서 시작되었다. 보이콧 연장 여부에 대해 손흥민·이재성은 강경히 유지하자는 입장을 보였고, 다른 선수들은 인터뷰 재개를 요구했으며, 이 갈등이 남아공전 선발 명단에서 두 선수를 제외한 이유로 제보되었다. 홍명보 감독은 경기 후 인터뷰에서 “멕시코전 때 분위기가 어수선했지만 선수단 내 문제가 있다고는 생각하지 않는다”고 밝혔다.