이재명 대통령이 6월 7일 엑스를 통해 책임 소재 규명과 전모 파악을 지시함에 따라, 6월 9일 서울중앙지검에 검찰 12명과 경찰 15명으로 구성된 검경 합동수사본부가 설치되었다. 본부장은 김태훈 서울중앙지검 3차장검사가 맡았다.
합수본은 투표용지 부족 사태의 행정적 착오 여부와 조직적 고의성을 규명하기 위해 강제수사에 착수했다. 6월 11일 과천 중앙선관위와 서울시 선관위, 송파·강남·서초·광진·동작구 선관위 등 7곳을 대상으로 1차 압수수색을 진행하여 투표용지 인쇄 계획서, 예산 자료, 내부 회의 문건 및 전산 자료를 확보했다. 이어 6월 24일에는 서울시 선관위 관계자 3명과 송파구 선관위 관계자 9명 등 총 12명을 대상으로 2차 압수수색을 실시해 투표용지 수급과 보고 절차, 현장 대응 과정을 집중적으로 살폈다.
동시에 합수본은 현장 실무자들에 대한 참고인 조사를 병행했다. 6월 15일부터 22일까지 투표용지 부족이 발생한 투표소의 투표관리원과 서울 지역 투표소 공무원 등 다수를 조사하여 상급 기관 보고 방식과 유권자 안내 내용을 확인했다. 또한 노태악 전 중앙선관위원장과 허철훈 전 사무총장 등 관계자 10여 명을 공직선거법 위반, 직무유기, 업무상 배임·횡령 혐의의 피의자로 적시해 수사 범위를 확대했다.
합수본은 중앙 및 지역 선관위에 대한 신속한 강제수사와 참고인 조사를 통해 투표용지 수급 및 보고 절차 관련 자료와 실무자 진술을 확보했다.
검경 합동수사본부가 2026년 6월 15일 투표용지 부족 현상이 나타난 투표소 3곳의 투표관리원 9명을 소환해 참고인 조사를 진행했다. 수사본부는 현장 관리원들의 진술을 통해 투표용지 부족 당시의 실제 상황과 상급 기관에 대한 보고 절차를 확인했다. 이번 조사는 6월 3일 지방선거에서 전국 140곳의 투표소가 추가 용지를 받았고 26곳에서 투표가 중단된 사태의 진상을 규명하기 위한 과정이다. 수사본부는 앞서 중앙선관위 등 7곳을 압수수색했으며, 현장 진술과 압수 자료를 대조해 행정 실수 여부와 관리 체계의 결함을 분석하고 있다.
검경 합동수사본부가 2026년 6월 16일 서울 송파구 잠실7동 제2투표소에서 근무한 투표관리원 2명을 소환해 조사했다. 해당 투표소는 투표용지가 바닥에 나뒹굴고 도장이 누락된 용지가 지급되는 등 관리 부실 논란이 가장 컸던 곳이다. 수사본부는 투표용지 부족 상황을 인지한 시점과 상급 기관 보고 절차, 현장 안내 내용을 집중적으로 살폈다. 이번 조사는 6월 15일 투표소 3곳의 관리원 9명을 조사한 데 이은 후속 절차로, 투표 중단 사태의 구체적인 경위를 파악하기 위한 목적이다.
검경 합동수사본부가 2026년 6월 19일 서울 강남구 청담동 투표소의 투표관리관과 투표관리원 2명을 대상으로 참고인 조사를 실시했다. 수사기관은 투표용지 부족 상황이 발생한 시점과 상급 기관으로의 보고 방식, 현장 대응 과정을 집중적으로 살폈다. 이번 조사는 6월 11일 중앙선관위와 서울시 선관위 등 7곳에 대한 압수수색 이후 진행된 일련의 참고인 조사 과정의 일부다. 합수본은 투표소별 보고 내용과 선관위 내부 결재 자료를 대조해 관리 부실의 책임 범위를 확인하고 있다.
검경 합동수사본부는 2026년 6월 23일 중앙선거관리위원회 진상규명위원회가 작성한 활동 자료와 검토 자료를 확보했다. 해당 자료에는 전국 1만 4288곳의 투표소 중 140곳에 추가 투표용지가 송부되었으며, 실제 91곳에서 사용했고 26곳에서는 투표가 잠시 중단되었다는 구체적인 집계 결과가 포함되었다. 합수본은 앞서 중앙선관위와 서울시 선관위 등 7곳을 압수수색하고 투표관리원들에 대한 참고인 조사를 진행하며 강제수사를 확대해 왔다. 수사기관은 확보한 진상규명위 자료를 압수물 및 현장 진술과 대조하여 선관위 내부의 보고 체계와 대응 과정의 적절성을 정밀하게 분석하고 있다.
검경 합동수사본부는 서울시 선관위 관계자 3명과 송파구 선관위 관계자 9명을 대상으로 강제수사에 착수해 선거 당일 대응 상황이 담긴 자료를 확보했다. 이번 수사는 이재명 대통령의 지시에 따라 지난달 9일 출범한 합수본이 투표용지 부족 원인을 규명하기 위해 진행 중인 과정이다. 수사팀은 투표용지 수급 체계와 보고 절차, 현장 대응 과정에서 적절한 조치가 있었는지 집중적으로 살피고 있다. 특히 전국 140곳의 투표소에 추가 용지가 송부되고 26곳에서 투표가 중단된 구체적인 정황을 바탕으로 책임 범위를 확인하고 있다.
법무부가 검경 합동수사본부의 요청을 받아들여 노태악 전 중앙선거관리위원장과 허철훈 전 사무총장 등 핵심 피의자들에 대해 출국금지 조치를 내렸다. 이번 조치는 6·3 지방선거 당시 일부 투표소에서 발생한 투표용지 부족 사태의 원인을 규명하기 위한 강제 수사의 일환이다. 합수본은 이미 중앙선관위와 서울시선관위 등 7곳에 대한 압수수색을 마치고 서버 내 메신저와 결재 기록을 분석하고 있다. 수사팀은 투표용지 인쇄 수량을 유권자 수의 50%까지 낮춘 결정 과정과 사후 보고 체계의 작동 여부를 집중적으로 살피고 있다.