국민참정권 침해 진상규명을 위한 검경 합동수사본부는 2026년 7월 23일, 중앙선거관리위원회와 경기도선관위, 그리고 서울 송파구·강남구·서초구 선관위를 대상으로 강제수사를 실시했다. 이번 수사는 6·3 지방선거 당시 발생한 투표용지 부족 사태의 경위를 규명하라는 이재명 대통령의 지시에 따라 지난달 9일 출범한 합수본이 진행했다. 수사팀은 압수수색 영장에 공전자기록위작 및 위계에 의한 공무집행방해 혐의를 적시했다.
핵심 쟁점은 선거 당일 투표율 집계 과정에서 발생한 수치 조작 의혹이다. 합수본은 경기도 내 특정 지역에서 투표자 수 오입력이 발생했음에도 불구하고, 실무자들이 이를 상부에 보고해 정식으로 수정하는 절차를 무시하고 임의로 전산 수치를 맞춘 정황을 확인했다. 특히 과대 계상된 투표자 수를 다른 지역 투표소로 분배하는 이른바 '수치 마사지'를 통해 본투표 마감 시각까지 오차를 줄이려 모의한 메신저 대화 내용 등을 확보했다. 합수본은 이번 사태가 단순한 행정 실수를 넘어선 의도적 은폐이자 조작이라고 보고, 수사 범위를 과거 선거 전반으로 확대할 가능성을 열어두고 있다.
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검·경 합동수사본부가 6·3 지방선거 투표용지 부족 사태의 원인을 규명하기 위해 서울시와 송파구 선거관리위원회 관계자들을 소환 조사했다. 합수본은 중앙선관위 압수수색을 통해 송파구선관위가 거소투표 예정자 수를 실제보다 크게 과다 집계한 정황을 포착했다. 특히 송파구 특정 동의 경우 실제 예정자가 20명 수준임에도 1500여 명으로 산정한 사실이 드러났다. 수사팀은 이러한 과다 산정이 투표용지 인쇄 수량을 줄여 결과적으로 용지 부족 사태를 유발했는지 집중적으로 살피고 있다. 이와 함께 잠실 투표용지 보관 상자 폐기 논란과 전 중앙선관위원장의 외유성 출장 의혹으로 수사 범위를 확대하고 있다.