수사기관은 증거인멸과 유착 의혹에 대해 집중 조사 중이며, 관련 경찰관들은 현재 직위해제·대기발령 등 징계·법적 절차를 진행하고 있다.
광주지방검찰청이 여고생 살인사건인 장윤기 사건의 수사 과정에서 증거인멸을 방조한 혐의로 광산경찰서장을 형사 입건했다. 검찰은 광산경찰서 수사팀이 정황 증거를 확보하고도 누락하거나, 피의자 장윤기에게 강간살인이 아닌 일반 살인 혐의를 적용한 경위를 집중 추적하고 있다. 특히 피의자의 부친이 현직 경찰관이라는 점을 이용한 유착 및 봐주기 수사 의혹을 규명하기 위해 서장과 형사과장을 피의자로 전환했다. 이와 함께 경찰청 국가수사본부도 광주경찰청장실 등을 압수수색하며 지휘부의 개입 여부를 조사하고 있다.
경찰청 국가수사본부가 여고생 살해범 장윤기 사건의 부실 수사와 증거인멸 의혹을 규명하기 위해 특별수사단을 확대 편성했다. 기존 27명 규모의 특별수사팀을 41명으로 늘려 수사 범위를 넓히고 신속한 진상규명을 추진한다. 이번 조치는 수사 대상자 증가와 다수의 압수수색 진행 등 광범위한 수사 상황을 반영한 결과다. 대전경찰청 수사부장 오동욱 경무관이 단장을 맡고 홍장득 총경이 부단장으로 임명됐다. 해당 사건은 현직 경찰 간부인 가해자의 부친과 수사팀장이 공모해 핵심 물증을 인멸했다는 의혹이 제기되며 경찰 조직의 신뢰도 논란으로 확산했다.