2020년 9월 23일 새벽 1시쯤 서훈 전 청와대 국가안보실장 주재로 서해 공무원 피격 사건 관련 긴급 관계장관회의가 열린 것으로 보도됐다.
검찰은 이 회의 이후 청와대와 관계 부처에 피격 및 시신 소각 관련 첩보 내용의 보안을 유지하고 사안을 낮은 수준으로 대응하라는 취지의 지침이 내려졌다고 봤다. 또한 국정원과 국방부 군사통합정보처리체계에 공유된 특별취급 기밀정보 등 관련 첩보·문건을 삭제하라는 지시가 있었다는 의혹도 제기했다.
이후 재판 보도에서는 서훈 전 실장이 관계장관회의에서 보안 유지 조치를 지시한 혐의를 받고, 박지원 전 국정원장·서욱 전 국방부 장관 등도 관련 첩보와 문건 삭제에 관여한 혐의로 재판에 넘겨졌다고 정리됐다. 피고인들은 결심공판 등에서 수사와 공소사실을 다투며 혐의를 부인했다.
이 사안은 검찰이 제기한 관계장관회의 지시 의혹이며, 최종 사실 판단은 재판 기록과 법원의 판단을 통해 확인될 사안이다.
아시아투데이는 검찰이 2020년 9월 23일 새벽 관계장관회의 뒤 ‘첩보 내용 등 보안을 유지하고, 로우키로 대응하라’는 지침과 SI 등 삭제 지시가 있었다고 보고 있으며, 당시 정부가 사망 및 시신 훼손 사실을 파악하고도 의도적으로 숨긴 배경을 조사 중이라고 보도했다. 동아일보 중립기어 방송 내용은 검찰 주장을 전하며 해당 회의에서 구조 대응이 아니라 보안 유지와 첩보보고서 삭제가 지시됐고, 검찰은 이를 ‘자진 월북’ 조작을 위한 보안으로 본다고 설명했다.