이재명 대통령이 외청장들의 국무회의 참석을 지시함에 따라, 구자현 검찰총장 직무대행이 2026년 1월부터 국무회의에 상시 배석하여 업무보고를 수행하기 시작했다. 검찰 수장이 정기적으로 국무회의에 참석하는 것은 헌정 사상 매우 이례적인 일로, 법조계와 언론에서는 검찰의 정치적 중립성과 수사 독립성이 심각하게 훼손될 수 있다는 우려를 제기했다.
검찰 내부에서도 구 직무대행이 정권의 입김에서 벗어나지 못하고 조직을 대표하는 구심점 역할을 수행하지 못한다는 비판이 나왔다. 특히 국회 '윤석열 정권 정치검찰 조작기소 의혹 사건 진상규명 국정조사 특별위원회'가 가동되는 상황에서 수뇌부가 침묵으로 일관하며 일선 검사들을 방치하고 있다는 책임론이 확산되었다. 일부 검사들은 내부망을 통해 수뇌부가 위법·위헌적 국정조사에 대응하지 않고 있으며, 검찰이 정권의 하부기관으로 전락했다고 성토했다.
정부는 국정 공유를 위한 행정 조치라고 해명했으나, 검찰 내부에서는 조직이 정권의 하부기관으로 전락했다는 우려가 확산되었다.
이재명 대통령은 2026년 1월부터 특별한 사정이 없는 한 외청장들의 국무회의 참석을 지시했으며, 이에 따라 구자현 검찰총장 직무대행이 상시 배석하게 되었다. 당시 검찰총장 자리는 심우정 전 총장의 사의 표명 이후 1년 넘게 공석인 상태였다. 정부는 국정 공유를 위한 행정적 조치라고 설명했으나, 검찰 수장이 정기적으로 참석하는 것은 전례가 없는 일이다. 검찰 내부에서는 조직이 정권의 하부기관으로 전락했다는 비판과 함께 수사의 독립성이 영향을 받을 수 있다는 지적이 나왔다. 구 직무대행은 이후 법무부 장관과 함께 5·18 민주묘지를 참배하는 등 정부와의 밀착 행보를 이어갔다.