2020년 9월 23일 새벽 1시부터 2시 30분까지 열린 1차 안보관계장관회의에서 서훈 전 국가안보실장이 사건 은폐 취지의 보안 유지를 요구했습니다. 박지원 전 국가정보원장은 공관 복귀 직후 노은채 당시 비서실장에게 "국정원에서 수집한 첩보 및 관련 자료들을 즉시 삭제하라"고 지시했습니다.
노은채 전 실장은 9월 23일 오전 9시 30분경 국정원 차장 및 기조실장 등이 참석한 정무직 회의에서 박 전 원장의 지시 사항을 전달했습니다. 노 전 실장은 군 첩보 담당 부대에서도 배포 중단 및 삭제 조치가 이뤄졌음을 언급하며, 원내 자료의 회수와 삭제, 철저한 보안 유지를 요청했습니다.
이후 국정원 1차장 산하 국장과 3차장 등 간부들은 실무진에게 삭제 지시를 내렸습니다. 이에 따라 이대준 씨 관련 첩보 51건과 분석 보고서 4건 등 총 55건(중복 포함)의 공전자기록이 시스템에서 삭제되었습니다.
검찰은 이번 삭제 지시가 문재인 전 대통령의 유엔 종전선언 연설 등 남북 관계에 미칠 악영향을 피하기 위한 사실상의 은폐 행위라고 보았습니다. 서울중앙지검 공공수사1부는 박지원 전 원장과 노은채 전 실장을 국정원법 위반 및 공용전자기록손상 혐의로 불구속 기소했습니다. 박 전 원장은 관련 지시가 없었다며 혐의를 전면 부인하고 있습니다.
서해 공무원 피격 사건의 증거 인멸을 목적으로 국정원 내 첩보 및 보고서 삭제 지시가 이행되었습니다.
박지원 전 국정원장이 지시한 첩보 삭제가 증거 인멸을 위한 불법 행위인지, 아니면 국가 안보를 위한 보안 유지 조치인지에 대한 논쟁
박 전 원장이 비서실장에게 첩보 및 관련 자료의 즉시 삭제를 지시했으며, 이에 따라 55건의 첩보와 보고서가 삭제되었다고 공소장에 적시했다.
내부 특별감사 중간 보고를 통해 박 전 원장의 삭제 지시가 없었다는 보고서들을 확인했으며, 검찰이 삭제되었다고 본 자료들이 실제로 존재하고 있음을 밝혔다.