이창수가 서울중앙지검장으로 있던 2024년 7월, 서울중앙지검은 김건희 여사를 검찰청사가 아닌 대통령경호처 관리 시설에서 비공개 출장조사했다. 당시 조사 방식은 대통령 배우자를 포토라인에 세우지 않기 위한 특혜였는지 여부를 놓고 논란이 됐다.
같은 해 10월 서울중앙지검은 도이치모터스 주가조작 의혹과 명품가방 수수 의혹에 대해 불기소 처분을 내렸다. 도이치모터스 사건에서는 김 여사가 권오수 전 도이치모터스 회장을 믿고 계좌 관리를 맡겼을 뿐 시세조종 범행을 알지 못했다고 판단한 것으로 전해졌다.
종합특검은 불기소 처분이 충분한 수사와 정상적인 지휘 절차를 거친 결과였는지, 또는 검찰 지휘부와 윤석열 정부 윗선의 압력이 작용한 결과였는지를 들여다보고 있다. 이 과정에서 이창수 전 지검장과 조상원 전 4차장이 출국금지됐고, 이후 이 전 지검장은 직권남용 혐의 피의자로 입건됐다.
특검은 심우정 전 검찰총장도 직권남용 피의자로 입건한 상태다. 당시 검찰총장에게 도이치모터스 사건 수사지휘권이 없었음에도 사건 처리에 관여한 정황이 있었는지가 수사 대상에 포함돼 있다.
첫 번째 쟁점은 비공개 출장조사가 통상적인 피의자·참고인 조사와 비교해 예외적 편의를 제공한 것인지다. 두 번째 쟁점은 불기소 결론이 증거 판단에 따른 것인지, 아니면 공범으로 지목된 인물에 대한 부당한 봐주기였는지다.
세 번째 쟁점은 불기소 이후 수사보고서 일부 수정이 단순 보완인지, 사건을 무마하기 위한 허위공문서 작성으로 평가될 수 있는지다. 이 세 쟁점은 이창수 당시 서울중앙지검장의 지휘 책임과 직접 연결돼 있다.
이 사안의 핵심은 이창수 지휘부가 김건희 여사 사건을 통상 절차에 맞게 처리했는지, 아니면 조사 방식과 불기소 판단에 부당한 영향이나 사후 문서 수정이 있었는지다. 현재까지는 특검 수사 단계의 의혹이므로 최종 판단은 수사·재판 결과에 따라 달라질 수 있다.
이창수 지휘부 하에 김건희 여사가 검찰청이 아닌 대통령경호처에서 비공개 출장조사를 받은 절차를 두고 형평성 논란이 일었다.
검찰청사가 아닌 경호처 관리 공간에서 조사가 진행됐고, 당시 검찰총장에게 사전 보고가 되지 않았다는 점이 절차적 예외 논란을 키웠다.
2024년 10월 서울중앙지검의 김건희 여사 불기소 처분이 증거 불충분에 따른 법리적 판단인지, 아니면 수사 축소인지를 두고 공방이 이어졌다.
당시 수사팀은 김건희 여사가 권오수 전 도이치모터스 회장을 믿고 계좌 관리를 맡겼을 뿐 시세조종 범행을 알지 못했다고 보고 혐의없음 처분했다.